Ban đầu, phần mềm này được Nguyễn Anh Tú phát triển trên nền tảng PHP-Nuke cho Website cộng đồng người việt xa xứ http://xunguoi.com. Sau đó, cùng với sự tham gia của một số thành viên (tạo thành Nhóm NukeViet, thường gọi là NukeViet Group), cuối năm 2004 NukeViet 1.0 beta 1 đã ra đời. NukeViet mau chóng được phổ biến trong giới webmaster Việt Nam.
Đầu năm 2005, xunguoi.com ngưng hoạt động với lý do: Ban Quản trị NukeViet [26] không thể tiếp tục duy trì website vì họ gần như không làm được gì ngoài … online và vì bị... Stress nặng do yêu cầu trợ giúp trên diễn đàn quá nhiều.
Cho đến cuối năm 2005 diễn đàn được NukeViet Group mở cửa trở lại nhưng vì nhiều lý do, không được bao lâu lại phải ngưng hoạt động. NukeViet Group thành lập công ty Ấn Tượng Nét (Phong, một thành viên NukeViet Group điều hành) và phát triển 1 phiên bản thương mại với tên gọi ATN Portal (NukeViet vẫn phát hành dưới dạng mã mở miễn phí). Tại thời điểm này, NukeViet phát triển tự phát trong cộng đồng. Những người yêu thích NukeViet đã tự lập cho mình các Box về NukeViet trong các diễn đàn liên quan đến tin học.
Ngày 18-05-2006, NukeViet Group tuyên bố chính thức hỗ trợ trở lại NukeViet sau 1 năm rưỡi gián đoạn. Ngày 26-05-2006, diễn đàn chính thức cho người dùng NukeViet hoạt động trở lại ở địa chỉ www.nukevn.com dưới sự hỗ trợ của công ty Ấn Tượng Nét [27]
Ngày 12-07-2006, NukeViet chính thức ra mắt phiên bản 2.0 beta 1 với nhiều tính năng hơn hẳn NukeViet 1.0, chủ yếu tập trung vào Module News. Phiên bản beta 2 được phát hành ngay sau đó. Dưới sự hậu thuẫn về tài chính của công ty Ấn Tượng Nét, NukeViet càng được nhiều người biết đến hơn.
Ngày 04-12-2006, do bất đồng chính kiến, 3 thành viên NukeViet Group là Tú, Phong, Chiến chia tay. Anh Tú – trưởng nhóm NukeViet – quyết định tách NukeViet ra khỏi công ty Ấn Tượng Net để hoạt động độc lập tại địa chỉ: http://lavieportal.com
Ngày 12-12-2006, Anh Tú quyết định đổi tên mã nguồn mở NukeViet thành LaVie Portal.
Ngày 26-01-2007, nhóm phát triển đã quyết định: Hỗ trợ và phát triển song song LaVie Portal và NukeViet thành 2 bộ mã nguồn.
Ngay sau tuyên bố về việc phát triển song song NukeViet & LaVie Portal, ngày 27-01-2007, Anh Tú cho ra mắt bản NukeViet beta 2b.
Ngày 24-04-2007, bản NukeViet 2.0 final (bản chính thức của NukeViet 2.0) đã được định hình và được giới thiệu rộng rãi cho các thành viên qua hình ảnh demo do một thành viên Ban Quản trị diễn đàn NukeViet cung cấp hứa hẹn nhiều tính năng độc đáo. Các thành viên điều hành diễn đàn NukeViet được cung cấp phiên bản sử dụng trực tuyến. Đáng tiếc, vì những tranh chấp với công ty Ấn Tượng Nét, tác giả đã không phát hành và không phát triển tiếp phiên bản này[28].
Ngày 31-10-2007, công ty Ấn Tượng Nét phát hành bản NukeVN beta (sửa đổi từ NukeViet) tại trang Web nukevn.com như một mã nguồn của riêng mình[29]. Tác giả NukeViet là Anh Tú lên tiếng phản đối[30]. Sau những tranh luận hết sức gay gắt [31], NukeVN.Com chính thức đóng cửa sau đó vài tuần.
Ngày 05-10-2007, Anh Tú từ bỏ qua dự án LaVie Portal để quay lại phát triển NukeViet và hỗ trợ người dùng tại http://nukeviet.vn[32]
Ngày 24-05-2009, NukeViet Group phát hành phiên bản NukeViet 2.0 RC1 tại Hải Phòng. Phiên bản này đã đánh dấu bước phát triển mới của NukeViet sau một thời gian dài trì trệ.[33] Tiếp đó, hiên bản 2.0 RC2 phát hành ngày 07/07/2009.
Ngày 25-2-2010, NukeViet chính thức đi vào con đường chuyên nghiệp hóa bằng sự kiện ra mắt Công ty cổ phần Phát triển nguồn mở Việt Nam (VINADES.,JSC). Đây là công ty mã nguồn mở đầu tiên tại Việt Nam [5] có nhiệm vụ phát triển mã nguồn mở NukeViet.
Ngày 22-03-2010, NukeViet chính thức công bố dự án NukeViet 3 - xây dựng một bộ code mới cho NukeViet[34][35]. Bản thử nghiệm đầu tiên - NukeViet 3 Closebeta - được phát hành hạn chế lúc 21h ngày 31-05-2010[36] đã thu hút lượng lớn người truy cập[37].
Bản chính thức NukeViet 3.0 đã được giới thiệu trong buổi phát hành offline ngày 12/10/2010 tại hội quán Hidea - 164 Lê Thanh Nghị. Ngày 20/10/2010 NukeViet 3.0 Official version phát hành online, đạt 1000 lượt tải trong 24h đầu tiên[38].
Ngày 25-02-2011, Phiên bản NukeViet 3.1 ra mắt cùng Module Shop nhân kỷ niệm 1 năm thành lập Công ty cổ phần phát triển nguồn mở Việt Nam[39].
Ngày 09-07-2011, NukeViet tổ chức offline ra mắt Phiên bản NukeViet 3.2 tại thành phố Hồ Chí Minh[40].
Ngày 13-08-2011, Ban Quản trị NukeViet thông báo sẽ chính thức cung cấp dịch vụ OpenID trên website nukeviet.vn từ ngày 01/09/2011 [41], như vậy bằng việc trở thành nhà cung cấp OpenID, NukeViet đã thực hiện hỗ trợ đầy đủ cho OpenID.
Ngày 20-11-2011, NukeViet giành giải Ba Nhân tài Đất Việt 2011 ở Lĩnh vực Công nghệ thông tin/Sản phẩm đã ứng dụng rộng rãi (không có giải nhất, nhì).[11][13][14]
Ngày 01-12-2011, NukeViet phát hành phiên bản 3.3 chính thức hỗ trợ giao diện dành cho thiết bị di động.[42]
Ngày 08/04/2012, NukeViet 3.4 ra mắt với nhiều chức năng mới và hỗ trợ toàn diện cho thiết bị di động.[43]
Ngày 01/09/2012, NukeViet ra mắt kho ứng dụng dành cho web [44]
Ngày 25/09/2012, NukeViet chuyển đổi kho code từ Google code (sử dụng SVN) sang Github (sử dụng git).[45]
Ngày 26/01/2013, Công ty chủ quản là VINADES đã tổ chức Hội nghị người dùng và các nhà phát triển NukeViet năm 2013 dành cho cộng đồng NukeViet đánh dấu chặng đường phát triển mới của NukeViet.[46]
Ngày 12/05/2016, NukeViet công bố hỗ trợ toàn diện cho IPv6 và sẽ ra mắt phiên bản cổng thông tin NukeViet cho chính quyền điện tử.[47]
Ngày 19/05/2016, NukeViet CMS 4.0 Official ra mắt. Đây là dòng sản phẩm đầu tiên ra mắt phiên bản mới sử dụng nền tảng NukeViet 4.0, đánh dấu giai đoạn sử dụng chính thức của dòng phiên bản này.[48][49]
Ngày 24/08/2017, NukeViet eGovernment ra mắt phiên bản thử nghiệm đầu tiên, chính thức đánh dấu việc có riêng một phiên bản phần mềm cổng thông tin chuyên dùng cho cơ quan nhà nước và chính quyền địa phương
Ngày 09/11/2017, NukeViet thay đổi quy trình phát triển, phát hành phiên bản mới định kỳ 03 tháng 1 lần
Ngày 16/06/2018, NukeViet công bố kế hoạch phát triển NukeViet phiên bản 5.0
